Cada reunião desenvolve-se em torno de um  tema. "O estudo e a discussão de um tema são importantes para conseguir uma Fé adulta e afirmar uma identidade cristã." (CI, IV-1c).

As E.J.N.S. procuram contribuir para a formação doutrinária e moral dos seus membros essencialmente através deste crucial tempo da reunião.

As equipas são convidadas a discutir os temas propostos pelo Movimento, porque estes são pensados e preparados com objectivos catequéticos e porque desta forma se reforça a unidade do Movimento. Estes temas são compostos por um texto de apoio, questões e eventualmente bibliografia para consulta, formando "cadernos de temas" editados anualmente pelo Secretariado Nacional. No entanto, os temas são propostos, e não impostos, pelo que é dada total liberdade de escolha para preparar e discutir outros temas, que correspondam mais às aspirações e à exigência da equipa (encíclicas, uma mensagem do Papa, um tema específico que se queria aprofundar, etc.), desde que buscando neles o sentido religioso e a unidade da equipa.

Fora e antes da reunião cada um prepara o tema. A preparação por todos permite uma discussão muito mais participada, rica e profunda do tema, e evita a superficialidade e os monólogos. Na reunião anterior escolhem-se duas pessoas, o chamado "par animador", que ficam encarregadas de conduzir a discussão do tema, com base na investigação que fizeram e na reunião prévia de preparação do tema que tiveram com o casal assistente e/ou o conselheiro espiritual.

Durante a reunião é bom não alargar demasiado o tempo de discussão do tema, para não prejudicar os outros tempos. Recomenda-se que não se exceda 1h30m, embora o par animador possa dilatar este tempo, caso a discussão esteja a ser muito enriquecedora. Além disso, é preciso não deixar que a conversa se afaste muito do assunto principal, embora se deva insistir na vertente prática e "partilhada" do tema.

Por outro lado, em cada equipa há pessoas mais tímidas e outras mais expansivas. Cabe ao par animador e ao responsável de equipa (e eventualmente ao casal e ao conselheiro) evitar a monopolização do diálogo e estimular a intervenção de todos. O conselheiro terá uma intervenção mais doutrinal, apontando a posição da Igreja acerca de cada assunto; o casal poderá contribuir com a sua experiência e resumir e/ou concluir a discussão.

Uma discussãoanimada sobre um tema que toque os equipistas pode conduzir a um ponto de esforço concreto, relacionado com o tema. Deste modo, dá-se à discussão uma vertente prática que a complementa.